matplotlib.use('TkAgg')
としておき、
get_current_fig_manager().window.wm_geometry("+20+50")
として、(+20+50)のところにウィンドウを表示することができる。
例
import numpy as np
from matplotlib import pyplot as plt
import matplotlib
matplotlib.use('TkAgg')
x = [1,2,3,5]
y = [3,7,9,1]
size = 100
fig, ax = plt.subplots()
plt.get_current_fig_manager().window.wm_geometry("+20+50")
ax.scatter(x,y,size,'blue')
plt.show()