amsmath パッケージを使っておき、\begin{equation} と \end{equation} の数式中で \tag を使うと式番号を自分で指定したとおりに表示できる。
(式番号の中に日本語を入れるには、tex 自体を日本語表示に対応させておくことが必要であることに注意。)
例
\usepackage{amsmath}
\begin{document}
\begin{equation}
y = f(x) \tag{1.2.3.4.5}
\end{equation}
\begin{equation}
z = g(x) \tag{式1.3}
\end{equation}
\end{document}